民主基金會風波不斷，國民黨立委徐巧芯日前指控民進黨利用民主基金會自肥，也稱國民黨申請網站編譯成英文是推動「政黨外交」。不過民進黨立委洪申翰不領情，嗆徐巧芯真的要把國民黨過去向民主基金會申請的補助案，「再多檢查幾次，很多貓膩在裡面喔」，要拿這個來抹，對國民黨不會有好處。洪申翰也指出，基金會執行長在國民黨前院長王金平時代開始，尊重總統對人選的想法已是慣例，要國民黨別搞「慣例自助餐」。
洪申翰說明，民主基金會從扁政府成立以來，一直有讓國會議長當董事長的「慣例」，這是事實。所以扁政府時代，是尊請當時的王金平院長，擔任民主基金會董事長。但請不要假裝沒看到，這個「慣例」，還包括執行長的指派，是要尊重總統的，即便在章程上，形式上是寫由董事長提名。
洪申翰表示，這也是為何王金平院長在扁時代當董事長時，執行長是由阿扁總統的重要國安幕僚林文程擔任。這就是當時立下尊重總統的慣例。現在國民黨一直說，民主基金會的章程上，哪裡有寫執行長的人選，要尊重總統的指派？
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