《國色芳華》里秦勝意背叛牡丹，重新回到王擎身邊，她還將牡丹的秘密告訴了王擎，使得牡丹慘遭陷害，被流放到軍營，成為一名官奴，大家都很好奇牡丹是怎麼出的軍營，蔣長揚當時為什麼不及時出現救她。

牡丹沒有想到秦勝意會被王擎的花言巧語所矇騙，她被京兆府抓走之前讓大福趕緊送走徐祭酒，以免被官府發現。在大堂之上，王擎將他與秦勝意的婚書交給牡丹看，還說是秦勝意將她的事情透露出來的，就是想霸占花滿築，牡丹自然不相信秦勝意會是那種恩將仇報的人，肯定是王擎威脅了她。

秦勝意不想連累蔣長揚，於是認罪伏法，被貶為官奴，發配到了軍營，每天受盡虐待和毆打。這個時候蔣長揚正巧去了洛陽，對牡丹的事情一無所知。之後，徐祭酒找到了芸娘，托芸娘把長安的事情告訴蔣長揚，讓蔣長揚去軍營把牡丹救出來，這長安和洛陽相距甚遠，一時半會到不了，所以牡丹還得再軍營遭受苦難。

牡丹對草木頗為熟悉，還積累了豐富的藥理知識，為了不被當成活靶子，她就跟士兵們搞好關係，故意下藥讓士兵吃壞肚子，然後再把提前準備好的草藥分給他們服用，化解了這場危機，從那之後，牡丹就成了士兵口中的神醫。

縣主派人陷害牡丹，結果被啞女聽到，她拚死把消息傳遞給了牡丹，牡丹才得以化險為夷，躲過一劫，可惜啞女卻死了，令人心痛。緊接著，收到消息的蔣長揚趕到軍營，然後買下牡丹，就這樣牡丹的戶籍攥在蔣長揚手裡，有了蔣長揚保護，沒有人敢輕易動牡丹，這也是為了她好，兩人最後走到了一起。